Actualiteit

30/10/2018

De stichting ‘toulouse cancer santé’, inserm en het onderzoeksinstituut Pierre Fabre lanceren het eerste professoraat van bio-informatica in oncologie voor onderzoek naar immuno-oncologie aan de Oncopole Toulouse

De stichting ‘Toulouse Cancer Santé’ legt zich toe op onderzoek naar kanker en werd door de Franse Staat op
5 mei 2006 erkend als een stichting voor het algemeen belang.

Het kankeronderzoekscentrum van Toulouse (CRCT) is een samengestelde onderzoekseenheid die Inserm en de Universiteit van Toulouse III-Paul Sabatier samenbrengt, bestaande uit 20 teams, waarvan 4 ook officieel erkend door het CNRS (Frans nationaal centrum voor wetenschappelijk onderzoek).

Het Universitair Kankerinstituut van Oncopole Toulouse (IUCT-Oncopole) is een ziekenhuis met meer dan 300 bedden dat zich enkel bezighoudt met oncologische patiënten, en zo het Universitair ziekenhuis van Toulouse en het Institut Claudius Regaud (kankercentrum) samenbrengt.

Pierre Fabre Laboratories werkt reeds lang samen met de Oncopole in Toulouse en heeft daarom oncologie tot haar belangrijkste focus gemaakt in onderzoek en ontwikkeling op farmaceutisch gebied.

 

De stichting ‘Toulouse Cancer Santé’, Inserm en het onderzoeksinstituut Pierre Fabre, alle drie grote spelers op de campus van Oncopole Toulouse, hebben het eerste professoraat van Bio-informatica in de oncologie voor onderzoek naar immuno-oncologie tot stand gebracht. Vera Pancaldi, een specialiste in natuurkunde en systeembiologie, werd aangeduid om dit te leiden. Ze startte in deze functie bij Inserm op 3 september 2018 aan het Kankeronderzoekscentrum van Toulouse (CRCT). De strategie van Inserm aan het CRCT, het Universitair Kankerinstituut van Toulouse Oncopole (IUCT-Oncopole) en Pierre Fabre gaat nog veel verder dan het initiatief dat vandaag werd opgestart. Het bestaat erin publiek-private samenwerkingen in oncologie te versterken.

Wetenschappers en de industrie bouwen mee

De opstart van het professoraat van Bio-informatica in de oncologie brengt de stichting ‘Toulouse Cancer Santé’, Inserm en het Onderzoeksinstituut Pierre Fabre (PFRI) samen voor een periode van vijf jaar in een proces van academische en industriële samenwerking op gebied van onderzoek naar immuno-oncologie en translationele geneeskunde aan de Toulouse Oncopole.

Volgens het Memorandum van Overeenkomst en de Overeenkomst van het Professoraat investeren het Onderzoeksinstituut Pierre Fabre en de stichting ‘Toulouse Cancer Santé’ elk 1 miljoen euro, verspreid over vijf jaar
(€ 200 000 per jaar). Het professoraat wordt geïntegreerd met de CRCT-teams in het gebouw van Inserm aan de Oncopole, die de technische platformen zullen voorzien en ook € 335 000 bijdragen aan het project.

Het professoraat wordt geleid door een tripartiet wetenschappelijk bestuur dat minstens eenmaal per jaar samenkomt. Het zal bestaan uit twee leden van PFRI, twee vertegenwoordigers van Inserm en twee leden aangeduid door de stichting ‘Toulouse Cancer Santé’.

Bio-informatica expertise vormt het hart van de samenwerking

Vera Pancaldi, een internationaal erkend onderzoekster met een baanbrekend profiel, gespecialiseerd in bio-informatica en systeembiologie, zal het professoraat op zich nemen. Momenteel voert ze onderzoek naar heterogeniteit van cellen en 3D genoomarchitectuur aan het Biowetenschappelijk Departement van de Computational Biology Group in het Barcelona Supercomputing Center (BSC).

Met het professoraat ging men op zoek naar een vertegenwoordiger met leidende capaciteiten in de bio-informatica, zodat het CRCT haar doel kon bereiken om een centrum met ervaring in oncologisch datamanagement te worden. De eerste taak van Vera Pancaldi zal daarom bestaan uit het samenstellen van een team van vijf bio-informatica specialisten (Master- en Doctoraatsniveau) om een talentpool te ontwikkelen in deze snel groeiende discipline.

Ook positief is, dat ze een centrale positie zal innemen in de gedrevenheid naar samenwerking, in het hart van de interactie tussen CRCT, IUCT-Oncopole en PFRI. Vera Pancardi zal ook toegang hebben tot technische platformen bij CRCT, met name de bio-informaticafaciliteiten die nodig zijn voor het onderzoek, evenals alle patiëntgegevens die de artsen van het ziekenhuis verzamelen. Ze zal ook rechtstreeks samenwerken met de bio-informaticaspecialisten van Pierre Fabre.

Met de erg concrete benadering van dit professoraat werd als doel gesteld om het tempo voor ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen in de richting van gepersonaliseerde geneeskunde te versnellen. Het CRCT en de IUCT-Oncopole maken dus twee samenwerkingsgebieden prioritair: het verzamelen van data en de analyse om de keuze voor de juiste therapie te vereenvoudigen en datastrings voor interne projecten te vormen, en het identificeren van nieuwe genen die in de toekomst biomarkers of therapeutische doelwitten worden.

Een extraatje voor de gedrevenheid naar samenwerking

Bovendien zal het professoraat actief deelnemen aan wetenschappelijk initiatieven, publicaties en promotie van het CRCT en ertoe bijdragen de Toulouse campus naar een hoger niveau van uitmuntendheid met wereldklasse te brengen om talent van overal ter wereld aan te trekken.

Met haar functie als professor zal Vera Pancaldi dubbel bijdragen.

Ten eerste zal ze haar werk aan het Biowetenschappelijk Departement van het Barcelona Supercomputing Center (BSC), dat werd opgebouwd rond “Mare Nostrum”, één van de meest krachtige supercomputers in Europa, voortzetten. De big-data aanpak is een van de belangrijkste expertisegebieden van het BSC. De uitdaging van de toekomst zal erin bestaan nieuwe benaderingen van deep learning en kunstmatige intelligentie (AI) te benutten met de IT’ers en wiskundigen van de Toulouse site.

Ten tweede zal ze de gedrevenheid om gebruik te maken van het netwerk op de Toulouse site nieuwe kracht inblazen. Want vanaf nu zal Vera Pancaldi vanuit Toulouse de innovatiekracht van het Cambridge Networks Netwerk, dat ze mee oprichtte in september 2011, en dat vandaag een gemeenschap van 400 mensen samenbrengt die geïnteresseerd zijn in het besturen van netwerken, aansturen.

Deze sterktes zullen bijdragen tot het ontwikkelen van een volledig ecosysteem en een talentpool rond het professoraat op de campus van de Toulouse Oncopole. In dit opzicht is de komst van Vera Pancaldi slechts een eerste stap in de samenwerking tussen Pierre Fabre en de academische en private structuren van de Oncopole, met als toekomstig doel het versnellen van industriële samenwerkingen in de geest van open innovatie.

“Big-datamining in een publiek-private samenwerking”

Alexandre Passioukov, Directeur van Translational Medicine, Pierre Fabre R&D

“Big-datamining is een van de sleutelbronnen tot innovatie voor de biomedische sector geworden. Dit geldt voor zowel de academische wereld als de farmaceutische industrie. Het ambitieus project dat naar voor werd gebracht door Vera Pancaldi, een specialiste in bio-informatica, heeft duidelijk synergismen met ons onderzoeks- en ontwikkelingswerk in de oncologie. Inderdaad, het identificeren van response markers en het ontdekken van therapeutische doelwitten houdt steevast in dat grote hoeveelheden “omica”-data worden geanalyseerd in relatie tot weerstand tegen bestaande therapieën. Daarom zijn we zeer verheugd met de opstart van dit 5-jarige project met CRCT en de Stichting ‘Toulouse Cancer Santé’, een project dat zal worden opgevolgd door andere samenwerkende initiatieven in de context van de strategische affiniteiten van Pierre Fabre bij de Toulouse Oncopole.”

“Technische expertise bij big-datamining brengen”

Gilles Favre, Wetenschappelijk directeur en directeur van het Laboratorium voor Oncologie en Medische Biologie aan het Universitair Kankerinstituut van Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole). Directeur van de Cancéropôle Grand Sud-Ouest (kankeronderzoekscluster in Zuid-West Frankrijk), Directeur van het Kankeronderzoekscentrum in Toulouse (CRCT) (Insem/Universiteit van Toulouse III Paul Sabatier samengevoegde onderzoekseenheid en het CNRS-aangesloten onderzoeksteam).

“Met de opstoot in gebruik van big data van genomica in de oncologie brengt Vera Pancaldi nieuwe technieken voor big data analyse naar het CRCT. We beschikken over 22 000 genen en we kunnen de sequentie hiervan volledig bepalen. We kunnen ook hun genexpressie achterhalen. Dit loopt op tot tienduizenden berichten die door onze platformen worden verzonden, wat enorme hoeveelheden aan data genereert. In haar onderzoek zal Vera Pancaldi voordeel halen uit de analyses van het CRCT van het genoom van een enkele cel en van het transcriptoom van een enkele cel. Ze krijgt toegang tot ons Nat Labo voor het verzamelen en analyseren van cellen en moleculaire biologie, en tot ons Droog Labo voor het opslaan en beheren van gegevens op computers. In de loop van het onderzoek werkt ze samen met IT’ers en wiskundigen op de Toulouse site om verder te gaan in het opbouwen van leeralgoritmen (deep learning, AI).”

“Verbeter zichtbaarheid en openheid naar de zakenwereld”

François Amalric, Directeur van de Stichting ‘Toulouse Cancer Santé’

“Voor de Stichting ‘Toulouse Cancer Santé’ is het oprichten van dit professoraat al een succes met de komst van een internationaal erkend data expert, die deze site wil omvormen tot een ervaren centrum. De uitdaging is het ontwikkelen van expertise in
bio-informatica met zicht op het beramen van nieuwe samenwerkingen met industriële spelers. Het professoraat zal resulteren in een verbeterde zichtbaarheid voor onze onderzoeksprojecten en meer openheid naar de zakenwereld.”

“In mijn onderzoek ligt de focus op tumorheterogeniteit”

Vera Pancaldi, Professor, Bio-informatica in de Oncologie

Los van haar leidende expertise in bio-informatica, had Vera Pancaldi nog een indrukwekkende eigenschap, namelijk haar erg internationaal profiel en haar aanpassingsvermogen voor huidige uitdagingen in immuno-oncologisch onderzoek. Na haar doctoraat in Natuurkunde van complexe systemen begon ze een werk rond schizosaccharomyces pombe functionele genomica in het laboratorium van Prof. Bähler aan het Wellcome Trust Sanger Instituut, en daaropvolgend aan het University College London in Engeland. “Voor mij bestond er geen complexer systeem dan levende organismen”, zei ze. Ze ging verder als postdoctoraal onderzoekster in epigenetica bij planten met het team van Prof. Baulcombe aan de Universiteit van Cambridge. Zes jaar geleden besloot ze aan een nieuw avontuur te beginnen in kankeronderzoek om de uitdaging van gepersonaliseerde geneeskunde aan te gaan. Ze behaalde een FEBS-vergunning om zich bij de Structural Biology and Bio-Computing Group te voegen aan het CNIO (nationaal kankeronderzoekscentrum) in Madrid, Spanje. “Ik voerde onderzoek uit naar wiskundige vormgeving van tumorgroei gebaseerd op moleculaire data,” zei ze. “Ik begon ook betrokken te geraken bij BLUEPRINT, het Europees onderzoeksproject naar epigenoom dat doelt op het kenmerken van het epigenoom van verschillende bloedcellen bij gezonde personen.” Het experiment bracht haar er vorig jaar toe haar huidige positie in te nemen als onderzoekster bij de Computational Biology Group in het Biowetenschappelijk Departement van het Barcelona Supercomputing Center (BSC), waar ze onderzoek voert naar heterogeniteit van cellen en 3D genoomarchitectuur. Ze zal blijven samenwerken met het BSC en ze zal deelnemen aan het Bioinfo4Women-programma. Haar vorig onderzoek naar complexe systemen en epigenetica werd steeds weer erkend en geprezen door haar collega’s.

Op 3 september 2018 nam Vera Pancaldi het prestigieuze Professoraat van Bio-informatica in de Oncologie, in het leven geroepen door de Stichting ‘Toulouse Cancer Santé’, Inserm en PFRI, op. “Ik ga me toespitsen op het onderzoek naar heterogeniteit van tumoren door de evolutie van de tumor te simuleren in zijn eigen micro-omgeving,” zei ze. “De uitdaging bestaat er ook in te begrijpen hoe het immuunsysteem reageert met de tumor.” Op dit gebied werkt Vera Pancaldi samen met Pierre Cordelier, Directeur van Onderzoek bij Inserm en teamleader bij het CRCT, die al werkt aan explorerend onderzoek met als doel het kenmerken van pancreastumoren op niveau van een enkele cel, specifiek het mobiliseren van een immuunrespons op deze tumoren, die een ernstig algemeen gezondheidsprobleem blijven vormen omwille van hun grote weerstand tegen huidige behandelingen. “De state-of-the-art technologie aan het CRT biedt de mogelijkheid om de verschillende fenomenen te onderzoeken door de tumor op het niveau van een enkele cel te bestuderen,” ging ze verder.

“Deze nieuwe functie zal me ook in de mogelijkheid stellen om andere samenwerkingen met CRCT-leden aan te moedigen, en ook om het publiek-private samenwerkingsnetwerk van het centrum extern te ontwikkelen in de beoogde therapievelden,” besloot ze.